Die Erste der drei Etappen ist die Kürzeste, da man auch erst mal nach Bad Kötzting anreisen muss. Entlang des 12 Tausender Höhenzuges von Bad Kötzting zur ersten Übernachtung auf der Chamer Hütte, die zwischen Großem und Kleinem Arber liegt, bieten sich mehrere wunderschöne Ausblicke auf den Hohen Bogen und die Gemeinden entlang des Weißen Regens und des Zellertals.
Der zweite Tag beginnt mit einem Anstieg auf den König des Bayerischen Waldes, dem Großen Arber. Die Aussicht auf den Lamerwinkel und den gegenüberliegenden Osser ist von hier oben aus besonders lohnenswert. Nach einer langen Abfahrt und kurzem meist ohne Steigung verlaufendem Teilstück, bietet sich auch schon eine Gelegenheit zur Rast im Schwellhäusl bevor der Große Falkenstein bezwungen werden muss. Entlang von Forststraßen durch den Hochwald des Nationalparks gelangt man zum Trinkwasserspeicher und schließlich nach Frauenau.
Der dritte und letzte Tag des Bayerwald-Cross ist zugleich der längste Abschnitt dieses Mountainbike-Erlebnisses. Beginnend in Frauenau erreicht man bereits am frühen Vormittag die Racheldiensthütte. Nach stetigem Bergauf und Bergab durch kleine Dörfer und umliegende Waldstücke die diese Region des Bayerischen Waldes charakterisiert, findet man sich auf dem Ilzradweg wieder. Entlang der Ilz auf teils auf gut ausgebauten Radwegen aber auch auf engen Trails gehts weiter in Richtung Passau. Erschöpft aber zufrieden erreicht man am späten Nachmittag sein Ziel.
1 Etappe: Bad Kötzting – Chamer Hütte
Bad Kötzting – Reitenberg – Hudlach – Eck – Mühlriegel – Schareben – Chamer Hütte
2 Etappe Chamer Hütte – Frauenau
Chamer Hütte – Brennes – Schwellhäusl – Großer Falkenstein – Frauenau Trinkwassersperre – Frauenau
3. Etappe: Frauenau – Passau
Frauenau – Racheldiensthütte – Perlesreuth – Fischhaus – Passau